El Museo de Ciencias Naturales es el Instituto Superior de Investigación de mayor antigüedad en la Universidad Nacional de La Rioja.
Con diferentes denominaciones (Instituto de Investigaciones Arqueológicas; Instituto de Arqueología, Antropología y Folklore; Instituto de Antropología) pasó del seno de la administración del Gobierno Provincial a la Universidad Provincial de La Rioja y a partir del año 1993 a la actual Universidad Nacional. Este organismo ha venido desarrollando tareas de extensión, preservación del patrimonio cultural e investigaciones antropológicas, arqueológicas y paleontológicas regionales.