Siendo la Agroecología una realidad creciente a nivel local, y siendo importante su promoción, pretendemos contribuir a la construcción de herramientas para evaluar sustentabilidad. Se evaluó de forma comparativa dos agroecosistemas, poniendo en evidencia aquellos aspectos que le otorgan mayor sustentabilidad relativa a uno respecto de otro. La metodología nos permitió la cuantificación y el análisis de los agroecosistemas desde un enfoque holístico y sistémico simplificando el concepto de sustentabilidad en valores simples y objetivos, llamados indicadores, detectando la tendencia del sistema hacia una condición más o menos sustentable. Se identificaron los puntos críticos, que en el caso del sistema convencional son la escasa biodiversidad y la alta dependencia de insumos externos y en el caso del sistema en transición son el manejo ineficiente del agua y la dependencia de ingresos extraprediales; en ambos el manejo del suelo es una fortaleza. Las diferencias entre ellos se relacionan con la lógica de quienes los conducen, más reduccionista en el primer caso y más integral en el segundo. Los resultados confirman la importancia del desarrollo de indicadores acordes a la realidad local.