Para el uso de la isonimia en la determinación de parentescos interpoblacionales existen en general dificultades en el tipo de datos que se utilizarán en los cálculos. Los principales son: 1) el tamaño de las poblaciones a las que es aplicable la isonimia; 2) la existencia de subgrupos etnosociales diferencialmente representados en las poblaciones a comparar; 3) la presencia de porciones de población que se reproducen en condiciones de ilegitimidad, las que normalmente deben ser excluidas disminuyendo aún más los exiguos tamaños. El presente estudio está dirigido a analizar la validez del método en una población para la cual los datos presentan las mencionadas dificultades. Se calculan los coeficientes de parentesco interpoblacional -Rij de Lasker (1977)- a partir de los matrimonios (N=1730) llevados a cabo en seis subunidades poblacionales rurales constituidas por tres subgrupos etnosociales (españoles, indios, mestizos) entre fines del s.XVIII y mediados del s. XIX, y que se caracterizan por relativamente elevadas tasas de cónyuges que son "hijos naturales". Se obtienen distintas matrices de parentesco entre las poblaciones según se empleen en cada grupo los apellidos legítimos paternos, maternos, maternos ilegítimos o la totalidad de apellidos, y se estima la correlación entre dichas matrices. Los resultados indican que en la población estudiada las mejores estimaciones resultan de maximizar los tamaños poblacionales utilizando ambos padres de cada cónyuge, aún incluyendo las madres de hijos naturales, y que los parentescos obtenidos a partir de estas últimas no difieren de los derivados de las madres de hijos legítimos.