La eutrofización es un proceso de aporte de nutrientes principalmente de fósforo. Actualmente, se encuentra acrecentado por las actividades antrópicas y crecimiento poblacional que provoca un deterioro de la calidad del agua limitando sus usos potenciales. En este trabajo se determinó el estado trófico en el río Uruguay, en el tramo comprendido entre Monte Caseros/Bella Unión y la represa, durante el período estival 2010 a través de la aplicación de diferentes índices. Además, se estudiaron las cianobacterias representativas del área correspondientes a los géneros Microcystis y Dolichospermum y su relación con los nutrientes. Las concentraciones de nutrientes fueron relativamente elevadas, principalmente el fósforo, determinando un estado eutrófico para el área de estudio. Debido a las crecientes iniciadas en noviembre de 2009, la abundancia relativa de cianobacterias no fue alta, tuvo un máximo de aproximadamente 40.000 cél/ml. Por otro lado, no se estableció una correlación lineal entre las cianobacterias estudiadas y los nutrientes. Se concluye que, como indican los antecedentes, los nutrientes no serían un factor limitante para la proliferación de cianobacterias en el área del embalse de Salto Grande.