En Argentina y en el mundo se reportan cada vez con mayor frecuencia episodios de florecimientos cianobacterianos de Microcystis aeruginosa productora microcistinas (MCs) en reservorios que abastecen a las plantas potabilizadoras pudiendo detectarse MCs en el agua de red en niveles superiores al nivel guía de la OMS (1ppb). Es por ello que el desarrollo de tratamientos alternativos al cloro para la remoción de M. aeruginosa y sus toxinas resulta necesario como tratamientos adicionales en plantas potabilizadoras. El objetivo de este estudio consistió en evaluar oxidantes alternativos como el ácido peracético (APA), percítrico (APC) y el peróxido de hidrógeno (H2O2) y un método físico (radiación UV-C) para la remoción de M. aeruginosa y MC, utilizando la cepa autóctona CAAT-2005-3, productora de [D-Leu1]-MC-LR, en condiciones de laboratorio.