La contaminación de los recursos hídricos resulta uno de los problemas más importantes de los países en desarrollo. Regionalmente, el arroyo Las Piedras presenta graves problemas de contaminación. Al carecer de servicios de infraestructura básica, sus habitantes se encuentran expuestos sistemáticamente a enfermedades, debido a la falta de condiciones higiénico-sanitarias. En este trabajo se realizó la caracterización física y química del arroyo Las Piedras, situado en el conurbano bonaerense, donde detectamos en el agua niveles que superaron los valores guía establecidos para un uso recreativo como en el caso del fósforo total, amonio, grasas y aceites. A su vez, se evaluó la diversidad bacteriana asociada a microorganismos patógenos y no patógenos, entre ellos microorganismos intestinales presentes tanto en agua como en sedimento. El mismo se llevó a cabo realizando una extracción de ADN total de la comunidad microbiana, la amplificación del 16s y la posterior secuenciación de la muestra por la tecnología de Illumina. Del análisis metagenómico del agua, un 11% de las especies detectadas han sido asociadas a diversos procesos patogénicos en el hombre, mientras que en el sedimento este número es de 6%. Los elevados niveles de contaminación detectados dejan en claro que la población que habita a lo largo de los márgenes del arroyo se encuentra ante un elevado riesgo sanitario.