En este trabajo se aborda el problema de la segmentación automática de cromosomas con tinción en banda G mediante la aplicación de redes convolucionales profundas. Se propone una metodología para generación de datos sintéticos y se exploran diferentes arquitecturas. Los resultados muestran desempeños mayores a 93% en recall y cercanos a 90% con el coeficiente de Jaccard. Además, se aplican métodos de post-procesamiento para mejorar la probabilidad de que la red convolucional acierte en el número de cromosomas presentes en un solapamiento.