Teniendo en cuenta los antecedentes sobre presencia de compuestos tóxicos en las cuencas asociados a múltiples fuentes de contaminación (vertidos cloacales, vuelcos industriales, uso de plaguicidas, extracción de recursos, entre otras), el objetivo de esta comunicación es analizar resultados de la campaña 2009 de monitoreo de principales afluentes de los ríos Paraná-Paraguay, en continuidad con relevamientos previos conjuntos con OPS y SAyDS (campañas 2004-2006). Se estudiaron los tramos superior, medio e inferior de la cuenca del Paraná e inferior del Paraguay, en 20 sitios de muestreo, cubriendo análisis con métodos estandarizados de compuestos mayoritarios y minoritarios en aguas y sedimentos, junto a residuos de contaminantes orgánicos y metales en biota. Se compararon los resultados obtenidos con información antecedente. Se detectaron afluentes que aportan elevada contaminación, incorporando sólidos (disueltos, en suspensión), materia orgánica, nutrientes, metales pesados, plaguicidas (organofosforados, organoclorados y piretroides). Afluentes del sector medio de la cuenca aportan mayor concentración de metales en aguas y sedimentos. Se observan factores de bioconcentración en biota hasta dos órdenes de magnitud. Se contribuye con información de base en la toma de decisiones para un manejo sustentable de la cuenca, con zonificación de áreas críticas para implementación de medidas de protección del ambiente y la biodiversidad.