Como hemos visto y es bien sabido, el ADN sufre diversos cambios o lesiones en su estructura por la interacción permanente con su entorno. Cuando estas modificaciones no pueden ser resueltas correctamente, se instauran en la molécula de forma permanente. Así se definen a las mutaciones, como un cambio estable en el ADN de una célula que se transmite a su descendencia. La estabilidad implica que se perpetúe durante la replicación del ADN en cada copia nueva y que permanezca en cada una de las células hijas.
En la diversidad de los organismos, las mutaciones junto con el proceso de recombinación meiótica, constituyen la principal fuente de variabilidad genética. En tal sentido, cobran un interés especial para procesos vitales tan significativos como la evolución de las especies, la identidad de un individuo, la dinámica u origen del proceso carcinogénico, el diagnóstico prenatal o el tratamiento de determinadas patologías.
Estos cambios, pueden originarse espontáneamente por errores durante la replicación del ADN o reacciones que ocurren sobre esta molécula, o también ser inducidas por agentes físicos, químicos o biológicos (mutágenos). Si bien en la replicación existe un mecanismo que permite corregir el 99,9 % de los errores que suceden, el número de divisiones celulares desarrolladas a lo largo de la vida de un individuo, hace significativo el número de estas posibles alteraciones.
También las bases nitrogenadas pueden sufrir cambios espontáneos (desaminaciones oxidativas que interfieren con al apareamiento) o perderse por inestabilidad del enlace N-glicosídico. El propio metabolismo celular puede generar mutágenos endógenos (radicales libres) que reaccionan con las bases o nucleótidos, modificándolos. De esta manera, las mutaciones más frecuentes se generan debido a situaciones o a la acción de agentes del ambiente intracelular.
Por otra parte, se han descripto los daños de las radiaciones ionizantes sobre el ADN, y se ha calificado a este agente como un mutágeno físico.