Transcurridos cincuenta y cuatro años de su vida, lapso durante el cual alcanzó a concretar los tres objetivos fundamentales que alimentaron sus sueños: el Museo de La Plata, su museo; el reconocimiento de la Patagonia y de la región cordillerana; y el acuerdo limítrofe con Chile, Moreno decide entonces tomar un descanso y vuelve a vivir a su quinta de Parque Patricios. Después de una vida tan intensa, de riesgosas exploraciones que pusieron a prueba su energía física, temple y coraje, quizás Moreno ambicionara momentos tranquilos a la sombra del aguaribay que él mismo había plantado.
Su última actuación como funcionario fue la de Director del Museo de La Plata, cargo al que renunció -marzo de 1906- al crearse la Universidad Nacional de La Plata, y pasar el Museo a formar parte de la misma.